Die Sager Meere und ihre Umgebung waren bei Botanikern früherer Generationen für ihren Reichtum an seltenen Arten wohlbekannt. Mit 45 in der Roten Liste Niedersachsen aufgeführten Farn- und Blütenpflanzen, Moosen und Flechten ist auch heute noch eine große Anzahl gefährdeter, stark gefährdeter oder vom Aussterben bedrohter Pflanzenarten im Betreuungsgebiet vertreten. Der Schwerpunkt liegt dabei bei den Arten der Feucht- und Nasswiesen, Moore und Sandheiden.
Betrachtet man ältere Angaben, so zeigt sich, dass die früher als selten oder Besonderheit betrachteten Arten vielfach verschwunden sind – während die heute seltenen Arten den damaligen Wissenschaftlern aufgrund ihrer früheren Häufigkeit oft nicht der Erwähnung wert erschienen.
In der `Flora´ von BUCHENAU (1913) werden Binsen-Schneide (Cladium mariscus), Langblättriger Sonnentau (Drosera longifolia) und Wasser-Lobelie (Lobelia dortmanna) als Besonderheiten “am Sager Meere” hervorgehoben und angemerkt, dass die Blumenbinse (Scheuchzeria palustris) “früher vorhanden” war. Von diesen Arten ist heute nur noch ein Bestand der stark gefährdeten Binsen-Schneide vorhanden.
Der ursprüngliche floristische Reichtum der Sager Meere ist – bis auf Relikte – nicht mehr vorhanden. Dieses Schicksal teilen die Meere mit vielen anderen, ehemals oligotrophen Gewässern in Niedersachsen. Andererseits ist das große Sager Meer einer der wenigen Standorte mit einem noch großen Bestand des stark gefährdeten Strandlings in Niedersachsen.
Auch das floristische Inventar von Lethe und Sager Meer Kanal ist stark verarmt. Während die Lethe kaum nennenswerte Submersvegetation aufweist, ist der Sager Meer Kanal Standort des im Gebiet seltenen, gefährdeten Knöterich-Laichkrauts (Potamogeton polygonifolius).
Der kleine Sand bei Bissel weist eine uneinheitliche Vegetation auf. Auf humusarmen Flächen sind wärme- und trockenverträgliche Moose und Flechten prägend. Der Strandhafer ist nach TAUX (1986) angepflanzt. Große Bereiche werden von trockenen Ginster-Sandheiden geprägt, in denen die gefährdeten Arten Behaarter Ginster (Genista pilosa) und Englischer Ginster (Genista anglica) sowie die stark gefährdete Arnika (Arnica montana) vorkommen.