Wangerooge ist ein Gebiet mit charakteristischer Inselflora. Botanisch hervorzuheben sind im extensiv genutzten, eingedeichten Grünlandbereich Bestände der in Norddeutschland sehr seltenen Natternzunge (Ophioglossum vulgatum) und verschiedene Orchideenarten. Am häufigsten ist das Breitblättrige Knabenkraut (Dactylorhiza majalis), es ist im Landkreis Friesland das größte Vorkommen dieser Art. Der Sumpfwurz (Epipactis palustris) ist ebenfalls mit einigen Exemplaren vertreten.
Das Heidegebiet gehört zu den ältesten Dünenbereichen auf Wangerooge. Seinen Namen hat es von der hier wachsenden Besenheide. Es ist das größte zusammenhängende Besenheidegebiet auf den Ostfriesischen Inseln.
Durch langjährige Artenschutzmaßnahmen in diesem Gebiet haben sich seltene Pflanzenarten wieder etabliert, die auch überregional als stark gefährdet oder sogar verschollen gelten. Dazu zählt z.B. der Strandling (Littorella uniflora), eine aus der Nähe unscheinbare Art , die über Jahrzehnte nicht oder kaum im Nationalpark anzutreffen waren.
Solche botanischen Kostbarkeiten haben besondere Ansprüche an ihren Standort. Gefährdet sind sie vor allem durch mangelnde natürliche Dynamik aufgrund menschlicher Eingriffe, Veränderungen im Wasserhaushalt, überhöhte Nährstoffeinträge, Trittbelastung sowie durch Ausbreitung anspruchsloser Konkurrenzpflanzen. Beim Erhalt der biologischen Vielfalt im Nationalpark spielt die Rückführung gestörter bzw. beeinträchtigter Bereiche in Richtung der natürlichen Entwicklung eine zentrale Rolle.
So hatte manch Insulaner oder Gast kein Verständnis für den Maschineneinsatz, der zum Auftakt jedoch unabdingbar war, um für Heide und Strandling den Rohboden zu bereiten. Nicht nur die Aufklärung über den Sinn dieser Maßnahme, unterstützt durch die regionalen Medien, schaffte Akzeptanz, auch das nachsprießende frische Heidekraut selbst überzeugte. Initiativmaßnahmen zur Entfernung vom Menschen eingebrachter, standortfremder Gehölze wie Kartoffelrose und Traubenkirsche oder
Aufreinigung von Kleingewässern erfolgen in Handarbeit durch Gruppen von Freiwilligen.