Minsener Oog ist vor allem als Brutplatz für Seeschwalben von hervorragender Bedeutung. Fluß-, Küsten-, Brand- und Zwergseeschwalbe sind hier vertreten.
Auch für Sandregenpfeifer, Austernfischer und Rotschenkel ist die Insel ein wichtiges Brutgebiet. Der stark gefährdete Sandregenpfeifer hat hier eines seiner letzten Rückzugsgebiete. Wie die Zwergseeschwalbe braucht er zum Brüten 
offene, wenig bewachsene Strandbereiche. Solche Flächen werden aber heute fast überall an der Küste von erholungssuchenden Menschen in Anspruch genommen.
Auf Minsener Oog brüten ebenfalls Silber-, Herings-, Sturm- und Lachmöwen.
Früher wurde versucht, die Ansiedlung von Silbermöwen zu verhindern, aus Sorge, dass diese die Seeschwalben verdrängen. Teilbereiche der Insel wurden durch Zurückdrängen der Vegetation für Seeschwalben besonders attraktiv gestaltet. Solche Zonen sind für Möwen als Brutplatz weniger geeignet.
In den Dünen befinden sich zahlreiche Kaninchenbauten. Brandgänse und 
Hohltauben legen hier gern als “Nachmieter” gut geschützte Nester an. Im Frühjahr und Herbst ist Minsener Oog ein bedeutendes Rastgebiet für Alpenstrandläufer, Kiebitzregenpfeifer, Austernfischer, Pfuhlschnepfe und andere Wat- und Wasservögel.
Meerstrandläufer & Steinwälzer sind außerhalb der Brutzeit regelmäßig auf den Buhnen anzutreffen.
Bis zu zehntausend Brachvögel mausern im Spätsommer auf der Insel ihr Großgefieder..
